万历二十七年（1599年）四月，援朝明军总督邢玠在紫禁城午门进行了规模隆重的献俘仪式，明神宗朱翊钧一声钧旨，六十一个日军俘虏被斩首示众。随后，朱翊钧做“平倭诏”昭告天下，诏书上庄严写道：“我国家仁恩浩荡，恭顺者无困不援；义武奋扬，跳梁者虽强必戮有明一代，皇帝亲临午门参与献俘礼，一共只有4次，都是出自万历皇帝。“跳梁者虽强必戮”！这是一个多么自信而强硬的皇帝！
万历皇帝毅然出兵，大明将士血洒三千里江山，拯救了朝鲜，让日本人的侵略铁蹄践踏中华整整推迟了三百年。明朝的出兵绝不仅仅是宗主国对藩属国的援助，而是关乎国运存亡的生死之战，所以《明史》称为“东洋之捷，万世大功。”但是，耗师糜饷，伤筋动骨，万历一朝终于成了国运浮沉的分水岭。《明史?朝鲜传》称：“自倭乱朝鲜七载，丧师数十万，糜饷数百万，中朝与属国迄无胜算。”万历三大征，特别是壬辰援朝战争，把张居正千辛万苦积攒起来的财政家底化为乌有，把辽东、西北、浙江的精兵折损大半。后面女真崛起和陕甘农民起义接踵而至时，明朝已如风中残烛，无财力，只能残民以逞加派边饷，无人力，只能拿有限的部队四处救火，就这样抱薪救火到最后，终于燃尽了朱家的天下。
清代史学家赵翼索性下了这样的定论：“明亡不亡于崇祯，而亡于万历。”再看看日本方面。撤回本国的日军诸将，在平户的那古邪受到了热烈欢迎，石田三成宣布了秀吉的遗命，对诸侯进行了慰问和论功行赏，然后各归其藩——在日本人普遍的思维里，虽然没有获得朝鲜一寸土地，但觉得这场战役战功显赫，宣扬了日本军队的荣耀。这种观念一直延续到明治维新时代，日本的“征韩论”再度喧嚣，发动了近代史上又一次不义的侵略战争。《明史?日本传》把战争的终结归结为：“秀吉死，诸倭扬帆尽归，朝鲜患亦平。”事实上从战局看，不管丰臣秀吉死不死，日军的失败都不可避免。
纵观整个战争，无论是文禄之役还是庆长之役，日军凭借战略和战术优势，总是能在战争初期势如破竹，但一旦进入相持阶段，小国对抗大国的资源劣势就暴露无遗。丰臣秀吉在临死前曾叹息说：“吾不幸生于小国，兵力不足，使我不能克遂耀武八表之志，奈何！奈何！”这句话说到了要害，七年朝鲜之战，“小国”对抗“大国”，最后的结局只能赢得仓皇北顾。战祸连绵，无数日本将士暴骨海外，国内人怨不断。《日本外史》这样总结：“趋七道之民，裹其未愈之疮痍，以入未知之地，连年无所成，致其力衰竭。”战争的挑起者丰臣秀吉更是第一个受到报应，正是因为壬辰战争中激化的文吏派和武功派不和，导致丰臣家内部分崩瓦解，最后被保存实力的德川家康取得了天下，丰臣秀吉的子孙也被杀得精光。
德川幕府吸取了秀吉的教训，熄灭了武力扩张的梦想，从一个极端走向另一个极端，躲进岛国成一统，闭关锁国整整两百年，直到“黑船”的炮声敲响了德川幕府的丧钟。朝鲜是最大受害国，壬辰战争中人口死亡近两百万，耕地损失大半，几乎在废墟中重建。整个国家大伤元气，以至于近代再次沦为日本侵略战争的牺牲品。不过，对于再造之恩的大明，朝鲜李朝视之为重生父母。满清崛起后，李朝上下皆视之为胡虏夷狄，仍然对明朝忠心耿耿，“奉明正朔”。《李朝实录》记载了朝鲜仁祖李倧写给皇太极的书信：“曾在壬辰之难，小邦朝夕且亡。神宗皇帝动天下之兵，拯济生灵于水火之中。小邦之人，至今铭镂心骨。宁获过于大国（满清），不忍负皇明。此无他，其树恩厚而入人深也。”这份感激之情一直持续到明朝灭亡后，李朝还是在内部文书上坚持用崇祯年号。朝鲜孝宗李淏甚至以光复大明天下为己任，训练军队试图北伐。
